Pittore allievo della scuola di Leonardo e suo discepolo prediletto, Francesco Melzi nacque con ogni probabilità a Milano nel 1493. Del maestro divenne amico e lo seguì, quando era ormai anziano, in Francia.
Tranne un disegno conservato alla Pinacoteca Ambrosiana che reca l'annotazione "1510 adì 14 agosto" è difficile attribuirgli delle opere certe per quanto si pensi, fra l'altro, che egli sia l'autore del quadro "Vertumno e Pomona", oggi conservato al Museo di Berlino.
Alla morte di Leonardo ereditò gran parte dei suoi manoscritti, che conservò nella villa familiare di Vaprio d'Adda.